对污水产生、处理、排放的全进行控制。减量化原则。严格内部卫生安全体系，在污水和污物发生源处进行严格控制和分离，内生活污水与病区污水分别收集，即源头控制、清污分流。严禁将的污水和污物随意弃置下水道。就地处理原则。为防止污水输送中的污染与危害，在必须就地处理。分类指导原则。根据性质、规模、污水排放去向和地区差异对污水处理进行分类指导。达标与风险控制相结合原则。考虑综合性和传染病污水达标排放的基本要求，同时加强风险控制意识，从工艺技术、工程建设和等方面应对突发件的能力。生态安全原则。有效去除污水中有毒有害，处理中副产物产生和控制中过高余氯，保护生态安全。
现在执行的《污水综合排放》（GB18466-2005），将污水按其受纳水体不同的使用功能等规定了相应的粪大肠杆菌群数和余氯，对COD、SS等理化指标无特别要求，只需达到要求相对较低的其他排污单位，且只给出余氯下限而无上限。
根据现行，现有污水处理工艺级别低，主要存在(1) 悬浮物浓度高，影响效果；(2)水质波动大，剂投加量难以控制；(3)副产物产生量大，影响生态的安全；(4）余氯无上限，过多余氯危害生态安全等问题。
根据的规模、性质和处理污水排放去向，进行工艺选择。根据分类，分为传染病和综合。污水处理后排放去向分为自然水体和通过市政下水道城市污水处理厂两类。
污水处理所用工艺必须确保处理达标，主要采用的三种工艺有：加强处理效果的一级处理、二级处理和简易生化处理。
工艺选择原则为：
传染病必须采用二级处理，并需进行预处理。
处理自然水体的县及县以上必须采用二级处理。
处理城市下水道(下游设有二级污水处理厂)的综合推荐采用二级处理，对采用一级处理工艺的必须加强处理效果。