污水处理流程的选择应综合考虑各项因素，进行多种方案的技术经济比较才能得出结论，其中包括：废水水质、污水处理程度、建设及运行费用、工程施工难易程度、当地的自然和社会条件、污水的水量和二次污染七个方面。
1、废水水质
生活污水水质通常比较稳定，一般的处理方法包括酸化、好氧生物处理、消毒等。而工业废水应根据具体的水质情况进行工艺流程的合理选择。特别需要指出的是，对于采用好氧生物处理工艺处理废水来说，要注意废水的可生化性，通常要求BOD5/COD>0.3，如不能满足要求，可考虑进行厌氧生物水解酸化，以提高废水的可生化性，或是考虑采用非生物处理的物理或化学方法等。
2、污水处理程度
这是污水处理工艺流程选择的主要依据。污水处理程度原则上取决于污水的水质特征、处理后水的去向和污水所流入水体的自净能力。目前，污水处理程度的确定主要依从国家的有关法律制度及技术政策的要求。通常环境管理部门是根据《污水综合排放标准》及相关的行业排放标准来控制污水的排放浓度，一些经济发展水平较高的地区还规定了更为严格的地方排放标准。无论是何种需要处理的污水，也无论是采取何种处理工艺及处理程度，都应以处理系统的出水能够达标为依据和前提。按照法律、法规、政策的要求预防和治理水体环境污染。
3、建设及运行费用
考虑建设与运行费用时，应以处理水达到水质标准为前提条件。在此前提下，工程建设及运行费用低的工艺流程应得到重视。减少占地面积也是降低建设费用的重要措施。
4、工程施工难易程度
工程施工的难易程度也是选择工艺流程的影响因素之一。如地下水位高，地质条件差的地方，就不适宜选用深度大、施工难度高的处理构筑物。
5、当地的自然和社会条件
当地的地形、气候等自然条件也对废水处理流程的选择具有一定影响。如当地气候寒冷，则应采用在采取适当的技术措施后，在低温季节也能够正常运行，并保证取得达标水质的工艺。
当地的社会条件如原材料、水资源与电力供应等也是流程选择应当考虑的因素之一。
6、污水的水量
除水质外，污水的水量也是影响因素之一。对于水量、水质变化大的污水，应考虑采用抗冲击负荷能力强的工艺，或考虑设立调节池等缓冲设备以尽量减少不利影响。
7、二次污染
污水处理过程中应注意是否会造成二次污染问题。例如制药厂废水中含有大量有机物质(如苯、甲苯、溴素等)，在曝气过程中会有有机废气排放，对周围大气环境造成影响;化肥厂造气废水在采用沉淀、冷却处理后循环利用，在冷却塔尾气中会含有氰，对大气造成污染;如采用石灰做碱化剂，产生的污泥会造成二次污染;印染或染料厂废水处理时，污泥的处置为重点考虑的问题。
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