医院污水处理所用工艺必须确保处理出水达标，主要采用的三种工艺有：加强处理效果的一级处理、二级处理和简易生化处理。
工艺选择原则为：
1、传染病医院必须采用二级处理，并需进行预消毒处理。
2、处理出水排入自然水体的县及县以上医院必须采用二级处理。
3、处理出水排入城市下水道(下游设有二级污水处理厂)的综合医院推荐采用二级处理，对采用一级处理工艺的必须加强处理效果。
4、对于经济不发达地区的小型综合医院，条件不具备时可采用简易生化处理作为过渡处理措施，之后逐步实现二级处理或加强处理效果的一级处理。
医疗污水排放标准：
1、传染病医院和结核病医疗机构污水排放执行规定
2、县级及县级以上或20张床位及以上的综合医疗机构和其他医疗机构污水排放执行表2的规定。直接或间接排入地表水体和海域的污水执行排放标准，排入终端已建有正常运行城镇二级污水处理厂的下水道的污水，执行预处理标准。
3、县级以下或20张床位以下的综合医疗机构和其他所有医疗机构污水经消毒处理后方可排放。
4、禁止向GB38381、2类水域和3类水域的饮用水保护区和游泳区，GB3097一、二、类海域直接排放医疗机构污水。
5、带传染病房的综合医疗机构，应将传染病房污水分开。传染病房的污水、粪便经过消毒后方可与其他污水合并处理