医院污水的二级处理主要是指生物处理，其目的是去除污水中溶解态和胶体态的有机污染物。生物处理是利用微生物的新陈代谢过程将污水中的有机物转化为简单的无机物，实现无害化。生物处理可分为好氧生物处理、厌氧生物处理和兼性生物处理。其中，好氧生物处理是常采用的污水处理方法。利用鼓风曝气、机械曝气等，使污水中大量的丝状菌和真菌等微生物繁殖，这些微生物具有吸附和氧化污水中有害物质的能力，从而降低污水的col~,和B()D5，使污水达到净化的效果。也有些污水处理场采用厌氧和好氧并用的方法，即在厌氧过程中，利用厌氧微生物繁殖、硝化和吸附水中有害物质。医院污水水量小、水量水质变化大、悬浮固体和细菌浓度高、后续必须有加强的消毒处理工艺等特点，决定了医院污水二级处理工艺应满足负荷高、承受水质水量变化的能力强、操作简单、运行稳定等要求，一般小型生活污水处理工艺都可以用于医院污水的二级处理_4J，目前比较好的医院污水处理方法有水解一接触氧化工艺、CASS工艺等l。普通的污水二级处理对污水中氮、磷的去除率较低，为了防止水体富营养化，要求对污水进行脱氮除磷的处理。目前采用较多的脱氮除磷方法有A/O工艺、A2/O工艺、CASS工艺、生物接触氧化工艺等。
