医疗污水经生化处理后，除部分细菌随污泥沉淀下来外，大部分大肠杆菌、粪便链球菌等致病菌仍然存在污水中，必须进行消毒处理。目前，生活污水的消毒方式很多，如液氯法、臭氧法、二氧化氯法等。具有投配方便、价格低廉、可靠性高等优点，会与水中某些有机物结合生成有致癌作用的有机卤化物。而二氧化氯是公认的佳消毒剂，其杀菌效果好，是理想替代产品。本系统采用二氧化氯法进行消毒。消毒池采用平流式隔板接触反应装置，以提高接触时间，取得较好的消毒效果。
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