医疗废水处理流程如下：
预处理+一级处理+二级处理+深度处理+消毒+出水
改变医院废水水质的过程。主要是杀灭废水中的致病微生物。为了提高消毒效果，在消毒前可对废水进行预处理，包括一级和二级处理。
消毒：
医疗废水消毒处理方法有氯化法、臭氧法、紫外线消毒法。氯化法消毒中主要有液氯法、投氯suan钠和二氧化氯法等三种。
为消灭废水或污泥中的病原体或使之灭活而进行的处理过程。分为废水消毒和污泥消毒。
医院废水处理主要是消毒，即杀灭病原体。医院废水的水质十分复杂，一般随着用水量的增大，相应的污染物浓度也越来越高，医院废水处理流程应尽可能设调节池，调节池不但可以调节水量，消灭高峰负荷，并可以调节水质，使其处理效果不会因水质变化而受到干扰二氧化氯消毒剂的投加点一般选择在调节池之后。浮选沉淀后经消毒池（由二氧化氯混合发生器制备的消毒剂）进行消毒后，达标排放。自发浮选沉淀池的剩余污泥排入调节池，调节池和接触氧化池的污泥打入消化池进行好氧消化处理可达标排放。
1.格栅井：在池中设置粗、细格栅。粗格栅栅条间距为0.5cm，细格栅栅条间距为0.2cm。粗格栅主要作用是对污水中的杂物、悬浮物进行拦截;细格栅的主要作用是拦截池中的毛发、细小颗粒等物质，见格栅处理后的污水流入调节池。
2.调节池：调节池主要起到废水均质均量作用。在污水处理过程中，需要对污水的水质和水量进行科学调节，实现对废水的均化，从而有效的避免在医疗污水处理过程中出现较大死水区域，通过对污水进行均质均量后，经污水泵将污水输送到水解suan化池。
3.水解suan化池的主要作用是在兼氧微生物作用下.使那些难以被生物降解的复杂化合物发生分解反应，从而转变小分子微生物，水中难以分解的化合物较少，从而使污水中的可生化性得到了提高。经水解suan化后的出水自流入到MBR生物膜池中。
4.在MBR生物膜池中，通过MBR膜组件进行过滤吸附处理，由罗茨鼓风机向废水中供氧，对生物池内部进行充氧，使污水中的大量微生物在池内进行新陈代谢，消耗污水中大量的有机物，需要对膜组件进行冲刷，有效的避免污泥在膜表面结块，避免了膜污染的发生。
专科医院污水处理设备/装置
污水的水质特点是含有大量的病原体──病菌、病毒和寄生虫卵。如结核病医院污水，每升可检出结核杆菌几十万至几百万个。医院污水还含有消毒剂、药剂、试剂等多种化学物质。利用放射性同位素医疗手段的医院的污水还含有放射性物质。
医院污水的水量与医院的性质、规模及所在地区的气候等因素有关，按每张病床计一般为每天200～1000升。医院污水处理主要是消毒，即杀灭病原体。常用的方法是氯化消毒或用臭氧消毒(见水的消毒、废水氧化处理法)。
医院排出的放射性废水常用贮存衰减法处理。医院常用的放射性同位素如131碘,32磷,198金，24钠等是半衰期较短的同位素，可以将放射性污水贮存于地下专用衰变水池内,贮存时间为10倍于半衰期,把放射性浓度降到容许排放的程度。如果放射性污水的浓度很低，水量很小，也可用稀释法处理。
期有动力地埋式污水处理设施：我国对地埋式有动力生活污水处理技术的研究同样始于20世纪80年代末期。1994年开发出的新型WSZ小型污水处理装置工艺流程为：污水→调节池→初沉池→接触氧化池→二沉池→消毒池。调节池停留时间为4-8h，为节省占地面积，初沉池和二沉池均采用竖流式沉淀池，接触氧化池内设置半软性填料，停留时间为2.5-3.2h；199年苏杨等人研究的高效生活污水净化槽技术是以传统化粪池为基础，在好氧区增设曝气装置，增设沉淀区并增加了污泥回流系统，在第二厌氧区底部堆积部分漂浮填料以防止污泥流失，提高净化槽负荷。
目前，生物膜法成为一个常用的城市污水处理手段。生物膜法是指在进行污水处理的过程中，在介质“滤料”表面.微生物会附着在上面从而形成一种生物膜。将形成的“生物膜”用来对污水进行过滤，在过滤的过程中，微生物会将溶解与污水中的有机污染物发生反应，从而生成水、二氧化碳、以及氨、微生物细胞物质，也就是说，有机污染物被分解掉从而净化污水。目前，在不断发展和完善的新型填料的配套技术的支持下，生物膜法的发展较快。