医院污水的综合性质与一般的生活污水相似但比生活污水所含的化学成分更为复杂比较突出的是医院污水中含有大量的细菌和病原菌由于医院人均排水量大于城市生活污水排水量所以医院污水中的有机物指标BOD、COD一般比城市生活污水要低。以前执行的《医院污水排放标准》主要要求对医院污水进行杀菌消毒处理2006年开始执行的《医疗机构水污染物排放标准》GB18466-2005对所有排入环境的污水都有了统一的要求其基本原则就是对排入不同水体的污水有着不同的排放要求。
由于医院有一些特殊工作条件,如化验室、放射室、药剂室等,所以会排放出特殊污水,如含有重金属的污水、放射性污水、洗印污水和含油污水等。重金属污水来自牙科治疗和化验,其中含有汞、铬等有害物质,可用化学沉淀法或离子交换法处理;放射性污水来自同位素治疗和诊断,可用衰变池处理;洗印污水来自照片洗印,含有银、显影剂、定影剂等有害物质,含银废水可电解回收银,显影剂和定影剂可用化学氧化法处理;含油污水来自厨房、食堂,应首先采用隔油方法进行预处理。