医院废水处理流程工艺选择原则为：
1、传染病医院必须采用二级处理，并需进行预消毒处理。
2、处理出水排入自然水体的县及县以上医院必须采用二级处理。
3、处理出水排入城市下水道(下游设有二级污水处理厂)的综合医院推荐采用二级处理，对采用一级处理工艺的必须加强处理效果。
对于经济不发达地区的小型综合医院，条件不具备时可采用简易生化处理作为过渡处理措施，之后逐步实现二级处理或加强处理效果的一级处理。
(二)不同处理工艺的应用情况考虑到以上原则，本方案设计的医院污水处理工艺流程进行比较:随着污水处理技术不断地发展，近年开发的在国内外普遍应用的工艺有：医院废水处理流程（1）加强处理效果的一级处理工艺对于处理出水终进入二级处理城市污水处理厂的综合医院，应加强其处理效果，提高SS的去除率，减少消毒剂用量。加强一级处理效果宜通过两种途径实现：对现有一级处理工艺进行改造以加强去除效果和采用一级强化处理技术。工艺流程对于综合医院(不带传染病房)污水处理可采用“预处理→一级强化处理→消毒”的工艺。通过混凝沉淀(过滤)去除携带病毒、病菌的颗粒物，提高消毒效果并降低消毒剂的用量，从而避免消毒剂用量过大对环境产生的不良影响。一级强化处理工艺流程（略）医院污水经化粪池进入调节池，调节池前部设置自动格栅，调节池内设提升水泵。污水经提升后进入混凝沉淀池进行混凝沉淀，沉淀池出水进入接触池进行消毒，接触池出水达标排放。调节池、混凝沉淀池、接触池的污泥及栅渣等污水处理站内产生的垃圾集中消毒外运。消毒可采用巴氏蒸汽消毒或投加石灰等方式。
医院废水处理流程（2）工艺特点加强处理效果的一级强化处理可以提高处理效果，可将携带病毒、病菌的颗粒物去除，提高后续深化消毒的效果并降低消毒剂的用量。其中对现有一级处理工艺进行改造可充分利用现有设施，减少投资费用。
医院废水处理流程 （3）适用范围加强处理效果的一级强化处理适用于处理出水终进入二级处理城市污水处理厂的综合医院。