氢系统的储氢瓶口阀应集成主关断阀、单向阀和压力释放装置（PRD）、溢流阀。主关断阀的操作应采用电动方式，并应在驾驶员易于操作的部位，当断电时应处于自动关闭状态。压力释放阀（PRD）排放氢气时,排放气体流动的方位、方向远离人、电源、火源。同时在储氢瓶进口通道上应装有手动关断阀，在加氢、排氢或维修时，可单独地隔断各个储氢容器；
供氢：气瓶——瓶阀（过流）——过滤器——减压（带电磁切断）——电堆
燃料电池汽车是一个复杂的汽车系统，控制上也存在很多需要优化的问题。
1）燃料电池本身控制
质子交换膜燃料电池是一个多输入、多输出的非线性时变系统，其系统比较复杂，难以建模，会受到进气压力、温度、湿度、电流密度等多种因素的影响。因此，为了提高系统的工作性能，保持良好的运行状态，恰当的控制策略依然是未来很长一段时间内的研究课题。
2）冷启动控制
当环境温度较低时，启动燃料电池会出现结冰现象，破坏电堆结构，影响电堆寿命。一般通过关机时吹扫和开机时加热两种方法辅助进行冷启动。如何在保护电堆的前提下缩短冷启动时间，也是对燃料电池汽车发展过程中不得不优化的问题。
3）整车控制
燃料电池从本质上讲是一台发电机，不能储存电能，一般与电池一起作为车辆的能量源，所以燃料电池汽车等价于一台增程式电动汽车，只是用燃料电池代替了发动机。由于燃料电池效率随负载变化、功率响应较慢等等原因，导致在整车动力性、经济性优化控制上依然存在较大提升空间。
加氢安全、储氢安全、氢泄露和碰撞安全是燃料电池汽车不得不考虑的问题。
加氢：加氢过程比较复杂，为了实现氢气的安全快速加注，需要车载氢管理系统与加氢站通过红外信号实时通讯，监测加注过程中的异常情况。
储氢：氢瓶压力一般达到几十兆帕，氢管理系统需要实时监测氢瓶内的温度、压力等信息，遇到异常压力情况需要及时进行安全处理。
氢泄露：由于氢气的特性，对氢泄露也需要及时监测与处理。
碰撞：车辆出现碰撞等紧急状态，需要立即停止供氢并报警提示。