生物接触氧化污水处理系统
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芬顿工艺在处理废水时需要判断药剂投加量及经济性。H2O2 的投加量大，废水COD的去除率会有所提高，但是当H2O2投加量增加到一定程度后，COD的去除率会慢慢下降。因为在芬顿反应中H2O2投加量增加，·OH的产量会增加，则COD的去除率会升高，但是当H2O2的浓度过高时，双氧水会发生分解，并不产生羟基自由基。
催化剂的投加量也有与双氧水投加量相同的情况，一般情况下，增加Fe2+的用量，废水COD的去除率会增大，当Fe2+增加到一定程度后。COD的去除率开始下降。原因是因为当Fe2+浓度低时，随着Fe2+浓度升高，H2O2产生的·OH增加；当Fe2+的浓度过高时，也会导致H2O2发生无效分解，释放出O2。
游离氨
废水中氨随pH值不同分别以分子态和离子态形式存在。分子态游离氨(FA)对硝化作用有明显的抑制作用，硝酸菌比亚硝酸菌对FA更敏感。
0.6 mg/L的FA几乎可以抑制硝酸菌的活性，从而使 HNO2氧化受阻，出现HNO2积累。只有当FA达到5 mg/L以上时才会对亚硝酸菌活性产生影响，当达到40 mg/才会严重抑制亚硝酸的形成。
进水氨氮浓度低时出水氨氮浓度也低，氨氮去除率高；当提高进水氨氮浓度时，游离氨超过亚硝化菌抑制浓度则会使亚硝化率降低而使得出水氨氮浓度增大，此时为达到较高的氨氮去除率须延长硝化时间。
硝化时间增加使亚硝态氮的积累量增加，反硝化时间就会延长。所以，如果将温度、DO和pH值控制在有利于HNO2积累的条件下，进水氨氮浓度（FA浓度）越低越能促进HNO2的积累。
另外实验中还发现，高浓度FA抑制所造成的HNO2积累并不稳定，时间一长系统中亚硝酸浓度和亚硝化率均下降，HNO2浓度增大。这说明硝酸菌对FA所产生的抑制作用会逐渐适应，而且硝酸菌对 FA适应是不可逆转的，即便再进一步提高 FA浓度，亚硝化比率也不会增加。
溶解氧（DO）
低溶解氧下亚硝酸菌增殖速率加快，补偿了由于低氧所造成的代谢活动下降，使得整个硝化阶段中氨氧化未受到很大影响，而低DO对硝酸菌有明显抑制作用，因而低溶解氧有利亚硝酸积累。目前普遍认为，DO浓度在0.5mg/L以上时才能很好地进行硝化反应。
不过，高大文教授的SBR实验结果表明，通过控制溶解氧实现短程硝化脱氮存在这硝化速率低，污泥沉降性变差等不足，所以在实际工作中不宜采用这种工艺。
泥龄
亚硝酸菌的世代较硝酸菌短，在悬浮处理系统中若泥龄介于硝酸菌和亚硝酸菌的小停留时间之间时，系统中的硝酸菌会逐渐被淘洗掉，使亚硝酸菌成为系统中优势硝化菌，硝化产物以HNO2为主。
例如 SHARON工艺是由荷兰 Delft 技术大学开发的脱氮新工艺，短程硝化和短程反硝化在同一个装置内。其基本原理是利用在高温(30~35℃)下，亚硝酸菌的小停留时间小于硝酸菌，可以通过“洗泥”的方式对菌种进行筛选。
有害物质
硝酸菌对环境较为敏感。废水中酚、氰及重金属等有害物质对硝化过程有明显抑制作用。相对于亚硝酸菌，硝酸菌对环境适应性慢，因而在接触有害物质的初期受抑制，出现亚硝酸积累。
Hynens等人发现硝酸菌与亚硝酸菌并存时，在废水中加入5mmol/L的氯酸钠可抑制硝酸菌，但对亚硝酸菌无影响。因此，当废水中含有酚，氢等有害物质时，要先将这些有害物质去除后再进行短程硝化反硝化。
C/N
在反硝化过程中，反硝化细菌属于异养菌，必须在有机碳源下生长。因此对于短程硝化反硝化过程而言，C/N过高，抑制短程硝化速率；C/N过低，降低反硝化的反应速率。国内学者周莉对纯种氨氧化菌所做的正交试验表明，反硝化速率随着C/N的增大有减小趋势，当增加到一定程度（>8）时，变化趋势就不明显了。